学院实行理事会领导下的院长负制。理事会为学院的最高决策机构,对学院重大事项进行研究、讨论和审批。首届理事会由举办者山东财经大学、深圳东方汇泉金融控股集团、洪泰基金三方推举代表组成。执行机构实行双院长制,校企双方各推荐一名院长人选,执行机构其他组成人员人选由合作三方商定,相关人选经学校研究后聘任。
学院设顾问委员会,作为学院战略发展和重大决策的咨询机构,由在学术和教育管理以及产业方面享有盛誉的著名学者、专家、企业家组成。设学术委员会,由国内外知名的与乡村振兴相关领域的专家学者、企业家担任作为学院的最高学术机构,负责学术事务的决策、审议、评定和咨询等事项。
学院持创新思维,科学合理设置工作部门和研究机构,注重制度效能,强化流程再造,保障管理运机制系统性、整体性和协同性。